由于对细菌和病毒很恐惧，所以市场上宣传以除菌为主的净水器很受消费者欢迎。但如果使用的水源是自来水的话，除菌则是选购净水器最大的概念误区。因为自来水已投加了足以杀灭所有细菌的氯气，且末梢自来水的余氯含量不低于国家标准0.05mg/L，完全可以保证用户水龙头出水不含任何细菌。

相反，对市场上某些净水器进行的检测结果表明，使用几天后，如果不进行反冲洗，本来合格的自来水流过净水器后细菌总数将远远超过饮用水标准范围。既使定时进行反冲洗，随着使用时间的增加，细菌含量也会逐渐升高直至超标，并且，其去除有害物质的能力也逐渐下降，当出水量超过净水器的额定净水量后，有害物质还会释放到水中。

美国联邦环保署曾警告使用净水器的消费者要将水煮沸后再饮用，其主要目的是杀灭由净水器带入水中的细菌。